（一） 機械部件
1． 支架：這是支撐顯微鏡的主體部分，它包括底座和彎臂。
2． 目鏡筒：位于機架上方，靠圓形燕尾槽與機架固定，目鏡插在其上。根據有否攝像功能，可分為雙目鏡筒和三目鏡筒；根據瞳距的調節方式不同，可分為鉸鏈式和平移式。
3． 物鏡轉換器 它是一個旋轉圓盤，上有3～6個孔，分別裝有低倍或高倍物鏡鏡頭。轉動物鏡轉換器就可讓不同倍率的物鏡進入工作光路。
4． 載物臺 是放置玻片的平臺，其中央具有通光孔。臺上有一個彈性的標本夾，用來夾住載玻片。右下方有移動手柄，使載物臺面可在XY雙方向進行移動。
5． 調焦機構 利用調焦手輪可以驅動調焦機構，使載物臺作粗調和微調的升降運動，從而使被觀察物體對焦清晰成像。
6． 聚光器調節機構 聚光器安裝在其上，調節螺旋可以使聚光器升降，用以調節光線的強弱。
（二） 光學系統
1． 目鏡 它是插在目鏡筒頂部的鏡頭，由一組透鏡組成，可以使物鏡成倍地分辨、放大物像，例如10X、15X等。按照所能看到的視場大小，目鏡可分為視場較小的普通目鏡，和視場較大的大視場目鏡（或稱廣角目鏡）兩類。較顯微鏡的目鏡上還裝有視度調節機構，操作者可以方便快捷地對左右眼分別進行視度調整；此外，在這些目鏡上可以加裝測量分劃板，測量分劃板的象總能清晰地調焦在標本的焦面上；并且，為了防止目鏡被取走以及減少運輸中被損壞的可能性，這些目鏡可以被鎖定。
2． 物鏡 它安裝在轉換器的孔上，也是由一組透鏡組成的，能夠把物體清晰地放大。物鏡上刻有放大倍數，主要有10X、40X、60X、100X等。高倍物鏡中多采用浸液物鏡，即在物鏡的下表面和標本片的上表面之間填充折射率為1.5左右的液體（如杉木油），它能顯著的提高顯微觀察的分辨率。
3． 光源 有鹵素燈、鎢絲燈、汞燈、熒光燈、金屬鹵化物燈等。
4． 聚光器 包括聚光鏡、孔徑光闌。聚光鏡由透鏡組成，它可以集中透射過來的光線，使更多的光能集中到被觀察的部位。孔徑光闌可控制聚光器的通光范圍，用以調節光的強度。
（三） 數碼攝像系統
1． 攝像頭
2． 圖像采集卡
3． 軟件
4． 微機
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